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Le réseau FARRE (Forum de l’Agriculture Raisonnée Respectueuse de l’Environnement) dont la mission est la promotion de l’agriculture raisonnée est critiqué pour être soutenu activement dès sa création par les partenaires de l’agriculture intensive. Dans les membres les plus actifs on retrouve ainsi la FNSEA ou les industriels de l’agrochimie que sont Monsanto, , BASF, DuPont ou l‘Union des Industries de la Fertilisation.
Pour François Veillerette et Fabrice Nicolino, l’agriculture raisonnée ne remet pas suffisamment en cause les méthodes de l’agriculture intensive. Les exigences ne sont pas suffisantes, ce qui est logique puisque que ce concept est promu en grande partie par le monde agricole lui-même.
Les opposants à ce concept regrettent que sur les 103 exigences nationales listées :
- quarante-cinq ne sont que des exigences réglementaires, donc l’application pure et simple de la loi, par exemple, « N’utiliser que des produits bénéficiant d’une autorisation de mise sur le marché », ou encore, à propos des animaux : « Réaliser les contrôles sanitaires exigés par rapport aux maladies réglementées », disposer de locaux aux normes phytosanitaires… Ces obligations réglementaires figurent dans le Référentiel car il avait été jugé impensable qu’une certification environnementale pût être attribuée à un agriculteur qui ne respectât pas les réglementations essentielles en matière environnementale ;
- dix-neuf sont des engagements que l’agriculteur doit respecter dans un délai de deux ans lors de l’attribution de sa qualification. Toutefois, ces engagements doivent être obligatoirement honorés puisque la vérification de leur mise en œuvre est effectuée par un organisme certificateur indépendant ;
- quant aux trente-neuf autres que l’agriculteur doit respecter pour avoir sa certification, elles consistent globalement en une vulgarisation des bonnes pratiques agri-environnementales.
Les opposants à l’agriculture raisonnée, s’ils admettent que ce concept peut permettre une plus grande sensibilisation des agriculteurs à l’environnement, lui reprochent de ne pas aller assez loin dans les interdictions (les OGM sont autorisés en agriculture raisonnée) ou dans les limitations (les pratiques exigées en agriculture raisonnée conduisent à optimiser les quantités de produits utilisés mais il n’est établi aucune norme maximale nationale).
À ce jour, en France, uniquement deux démarches sont validées par les pouvoirs publics en matière d’approche environnementale en agriculture : l’agriculture biologique et l’agriculture raisonnée. Suite aux décisions du Grenelle de l’Environnement, une nouvelle certification environnementale, l’agriculture HVE (haute valeur environnementale) est en cours d’élaboration par les ministères de l’Agriculture et de l’Écologie, qui englobera les démarches officielles existantes (agriculture raisonnée et biologique) et les démarches privées ou de filière (agriculture durable, charte des bonnes pratiques d’élevage…).
L’universitaire Isabelle Doussan explique aussi que le référentiel de l’agriculture raisonnée, ne se distingue pas réellement des règles déjà établies pour la protection de l’environnement. .